Beste gratis Molecular Modeling-software voor Windows 10

In dit artikel behandelen we de beste gratis Molecular Modeling-software voor Windows 10 pc. Met behulp van deze freeware kunt u modellen maken van verschillende eenvoudige tot complexe chemische verbindingen. Deze softwarecollectie is handig voor studenten bio-informatica, chemische technologie, enz. U kunt verschillende elementen uit het periodiek systeem(Periodic Table) toevoegen om een ​​chemische verbinding te vormen. Bovendien kunt u in deze software ook een chemische verbinding in verschillende stijlen bekijken, zoals draadframe, kogel en stok, pijpen, kogel en cilinder(wireframe, ball and stick, pipes, ball and cylinder) en meer.

Moleculaire modelleringssoftware(Modeling) voor Windows 10

Sommige van deze software bevatten voor uw gemak ook verschillende chemische groepen en structuren. Selecteer ze eenvoudig(Simply) en uw chemisch model is klaar. Voorbeelden van chemische groepen zijn  alcoholen, benzeen, aldehyden, aminozuren(alcohols, benzene, aldehydes, amino acids) , etc. Daarnaast kun je ook chemische berekeningen doen zoals  energie, bindingslengte(energy, bond length) , etc.

  1. Avogadro
  2. MoluCAD
  3. ArgusLab
  4. Ascalaph-ontwerper

Laten we ze eens bekijken.

1] Avogadro

Beste gratis software voor moleculaire modellering Avogadro

 Avogadro  is een uitstekende freeware voor moleculaire modellering die wordt geleverd met tal van functies. De gebruiksvriendelijke interface maakt het gemakkelijk te begrijpen voor de gebruikers. Bij het starten van de software ziet u een zwart scherm en een paneel aan de linkerkant. U hebt toegang tot enkele veelgebruikte elementen via het vervolgkeuzemenu(drop-down menu) in het linkerdeelvenster. Als u toegang wilt tot alle elementen, klikt u eenvoudig op " andere(other) " in het vervolgkeuzemenu en de software start het periodiek systeem(Periodic Table) . Het element dat u uit het periodiek systeem(Periodic Table) selecteert , is beschikbaar in de vervolgkeuzelijst.

Stappen om een ​​chemische verbinding te tekenen:

  1. Selecteer(Select) een element in het vervolgkeuzemenu in het linkerdeelvenster en klik op het zwarte scherm om het toe te voegen.
  2. Selecteer nu een ander element in het vervolgkeuzemenu.
  3. Houd de linkermuisklik ingedrukt en sleep deze naar het eerste element om het te verbinden met een chemische binding. U kunt ook het type chemische binding selecteren: enkel, dubbel of drievoudig.

Er zijn verschillende knoppen op de werkbalk van de software:

  • Tekengereedschap(Draw tool) : hiermee kunt u verschillende moleculaire verbindingen tekenen.
  • Navigatietool(Navigation tool) : hiermee kunt u het moleculaire model verplaatsen, roteren, inzoomen en uitzoomen.
  • Hulpmiddel voor manipulatie(Bond centric manipulation tool) van bindingen: selecteer dit gereedschap en klik op een van de bindingen om de hoek te bekijken.
  • Automatische rotatie tool(Auto rotation tool) : Selecteer deze tool en klik op de “ Start ” knop. Houd nu de linkermuisklik ingedrukt en sleep deze in een willekeurige richting. Laat de linkerklik los en het moleculaire model begint automatisch te draaien.

Als u de bindingslengte van verbindingen automatisch wilt wijzigen, gaat u naar " Extensions > Optimize Geometry " of drukt u op " Ctrl+Alt+O ". Om de energie te berekenen, gaat u naar " Extensions > Molecular Mechanics > Calculate Energy ".

Het bestand opslaan(Saving the File) : u kunt uw project in meerdere formaten opslaan, waaronder  PDB, ENT, CHM, ALC, CDXML, CDX, C3D2, C3D1, SD, SDF, DMOL, CHT, GAM . Afgezien hiervan is er ook een exportoptie waarmee u uw project kunt opslaan in  PDF, SVG, BMP, JPG, PNG , enz.

2] MoluCAD

Beste gratis Molecular Modeling-software voor Windows 10

MoluCAD  is een andere gratis freeware voor moleculaire modellering in deze lijst. Net als Avogadro heeft het ook veel functies. In deze software kunt u zowel 2D- als 3D-weergaven naast elkaar bekijken. Enkele veelgebruikte elementen zijn beschikbaar in het linkerdeelvenster van de software. Om het aan de hoofdruimte toe te voegen, klikt u eenvoudig op een van de elementen. Als het element dat u wilt toevoegen daar niet beschikbaar is, kunt u het selecteren in het periodiek systeem(Periodic Table) . Om het periodiek systeem(Periodic Table) te bekijken , klikt u met de rechtermuisknop op de zwarte ruimte en klikt u op de knop " Atoom toevoegen(Add Atom) ".

Stappen om een ​​chemische verbinding te tekenen:

  1. Klik(Click) op een van de elementen in het linkerdeelvenster om het toe te voegen.
  2. Klik(Click) op een ander element om het toe te voegen, of u kunt het selecteren uit het periodiek systeem(Periodic Table) .
  3. Om de elementen met elkaar te verbinden, gaat u naar " Add > Bonds – Connect Atoms " en selecteert u het type chemische binding. Klik nu op het eerste atoom en klik vervolgens op het tweede.

Behalve elementen kun je ook verbindingen toevoegen. Op het rechterpaneel vindt u verschillende  moleculen, aminozuren, functionele groepen, lone pair-atomen(molecules, amino acids, functional groups, lone pair atoms) , enz. Selecteer een structuur en sleep deze naar de hoofdruimte. U kunt de energie van de moleculen berekenen door op " Energy > Evaluate Energy " te klikken .

Met behulp van het menu " Query " kunt u de (Query)afstand tussen twee atomen, bindingslengte, bindingshoek, torsiehoek, het zwaartepunt(distance between two atoms, bond length, bond angle, torsion angle, the centre of mass) , enz. berekenen  . U kunt de 3D-structuur in vier verschillende weergaven bekijken:  boven, voorkant, zijkant en schuin(top, front, side, and oblique) . Ga naar " View > Graphics Mode " om het model in verschillende vormen te bekijken, zoals  bal en stok, ruimtevulling, pijpen(ball & stick, space fill, pipes) en meer.

Het bestand opslaan(Saving the file) : U kunt het project in MCD -formaat opslaan. Als u de optie " Exporteren(Export) " in het menu " Bestand(File) " gebruikt, kunt u uw project opslaan in  JPEG-  en  Windows BITMAP  -indeling.

3] ArgusLab

Beste gratis software voor moleculaire modellering ArgusLab

ArgusLab  is een andere gebruiksvriendelijke software voor moleculaire modellering die wordt geleverd met gemakkelijk te begrijpen functies. Met deze software kun je de structuur van verschillende chemische verbindingen maken. In het linkerdeel van de software zijn drie tabbladen beschikbaar:

  • Atomen(Atoms) : Dit tabblad bevat verschillende elementen van het periodiek systeem(Periodic Table) . Door op elk atoom te klikken, geeft de software de geometrie weer. Klik(Click) op de " Periodic Table " knop om het Periodic Table te starten .
  • Ringen(Rings) : hier krijg je verschillende soorten chemische ringstructuren.
  • Aminozuren(Amino Acids) : Dit tabblad toont verschillende soorten aminozuren. In dit tabblad is ook " Polypeptide Builder " beschikbaar.

Stappen om chemische verbinding te tekenen:

  1. Klik op het tabblad " Atom " in het linkerdeelvenster om een ​​element toe te voegen.
  2. Selecteer(Select) een van de beschikbare elementen. Als uw gewenste element er niet is, kunt u hetzelfde selecteren in het " Periodiek systeem(Periodic Table) ."
  3. Gebruik(Use) de rechtermuisknop om het element op de daarvoor bestemde ruimte te plaatsen.
  4. Selecteer(Select) een ander element. Selecteer nu het laatste element met de linkermuisknop en plaats het andere element met de rechtermuisknop. Dit zal de twee elementen samenvoegen en een verbinding vormen.
  5. Volg dezelfde stappen om ringen en aminozuren in de ruimte toe te voegen.

4] Ascalaph-ontwerper

Beste gratis software voor moleculaire modellering Ascalaph Designer

Ascalaph Designer  is nog een goede freeware voor moleculaire modellering. Het beste van de software is dat u deze niet op uw pc hoeft te installeren. Het wordt geleverd met een uitvoerbaar bestand. De software wordt gedownload in zip-formaat. Nadat u het hebt uitgepakt, vindt u het uitvoerbare bestand in de map " bin ".

Stappen om een ​​chemische verbinding te tekenen:

  1. Druk op " Ctrl+N " om een ​​nieuw project te starten.
  2. Om elementen toe te voegen, moet u het periodiek systeem(Periodic Table) openen . Ga hiervoor naar “ Build > Free Drawing .”
  3. Selecteer(Select) een van de elementen en plaats ze in de ruimte door op de toetsen " Ctrl+Shift " te drukken.
  4. Plaats een ander element met behulp van de bovenstaande stap en sleep het naar het laatste element om ze te verbinden met een chemische binding.

Je kunt elke compound in verschillende vormen bekijken, zoals  bal en stick, wireframe, CPK(ball and stick, wireframe, CPK) , etc. door op de knoppen in het rechterpaneel te klikken. Wanneer u een element uit het periodiek systeem(Periodic Table) selecteert , wordt aanvullende informatie weergegeven, zoals  de naam van het element, hybridisatie, covalentie en de aantrekkingskracht van Van der Waals(element name, hybridization, covalent, and Van Der Waals forces of attraction) . Klik op het menu " Analyseren(Analyze) " om verschillende berekeningen uit te voeren, waaronder  energie, temperatuur, druk, dipoolmoment(energy, temperature, pressure, dipole moment) , enz.

Het bestand opslaan(Saving the file) : U kunt uw project alleen in zijn eigen formaten opslaan, inclusief  mim, hin, xmolmmol, smol,  enz. Dit is het nadeel van deze freeware.

We hopen dat je dit bericht nuttig vond voor je school- en universiteitsprojecten.



About the author

Ik ben een softwareontwikkelaar met meer dan 10 jaar ervaring. Ik ben gespecialiseerd in Mac-programmering en heb duizenden regels code geschreven voor verschillende Mac-programma's, waaronder maar niet beperkt tot: TextEdit, GarageBand, iMovie en Inkscape. Ook heb ik ervaring met Linux en Windows ontwikkeling. Dankzij mijn vaardigheden als ontwikkelaar kan ik hoogwaardige, uitgebreide tutorials schrijven voor verschillende softwareontwikkelingsplatforms - van macOS tot Linux - waardoor mijn tutorials de perfecte keuze zijn voor diegenen die meer willen weten over de tools die ze gebruiken.



Related posts